Coronadova ekspedicija iz leta 1540 je v osrednji Mehiki in na sodobnem ameriškem jugozahodu zabeležila, da na območju Llano Estacado, obsežnem ravninskem območju vzhodne Nove Mehike, zahodnega Teksasa in jugozahodne Oklahome, živijo Querechi, ki so po splošnem prepričanju predniki vzhodnih Apačev. Querechi so bili opisani kot visoki in inteligentni; živeli so v šotorih, ki naj bi bili podobni tistim izArabci in so sledili čredam bizonov, iz katerih so pridobivali hrano, gorivo, orodje, oblačila in pokrivala za tipije - vse to so prevažali s psi in travejem. Querechos so trgovali s kmetijskimi ljudstvi Pueblo. Prvi stiki so bili mirni, sredi sedemnajstega stoletja pa je med Španci in Apači izbruhnila popolna vojna. V sedemnajstem stoletju je španska suzerenitetaNa jugozahodu so se uveljavljale pogosto nemogoče zahteve do Pueblov, ki so bili po drugi strani podvrženi napadom Apačev, ko zaradi španskega izkoriščanja ni bilo več česa trgovati. Hkrati so vse domorodce zdesetkale bolezni, proti katerim niso bili imuni. Pritisk Utejev in Komančov, ki so se pomikali proti jugu na območje, ki je bilo prej v lastiApači. Dokumentarni dokazi kažejo, da so Španci oboroževali Komanče, da bi jim pomagali pri neuspešnih prizadevanjih za podreditev in nadzor Apačev.

Mescalero so od Špancev hitro prevzeli konje, kar jim je neskončno olajšalo lov, trgovanje in napade. Prevzeli so tudi špansko prakso trgovanja s sužnji in tako dali Špancem orožje, ki so ga lahko uporabili proti njim, saj so španski kolonisti, ki so od Apačev jemali sužnje, v Pueblosih vzbudili strah, da bodo naslednji sužnji, ki jih bodo iskali Apači.Apači so se začeli manj zanašati na trgovino s Pueblo in bolj na napade na španske koloniste.

Kljub španski politiki, ki je plemena nasprotovala drug drugemu, so se ta leta 1680 združila v Pueblovem uporu in uspešno odstranila Špance iz Nove Mehike. Veliko Pueblov, ki so pobegnili pred Španci in odšli živet med Apače in Navaje, se je vrnilo domov in zdi se, da se je ponovno vzpostavil stari vzorec lovstva na ravnicah in pueblovskega trgovanja. Leta 1692 so se vrnili kolonisti invojna z Apači se je pospešila.

Zgodovina osemnajstega in zgodnjega devetnajstega stoletja je bila napisana s krvjo in prelomljenimi obljubami. izdajstvo je bilo zelo razširjeno in mirovni sporazumi niso bili vredni niti črnila, potrebnega za njihovo pisanje. Mescalero so redno imenovali "sovražnik, pogan, Apači" in jih krivili za praktično vsako nesrečo, ki je doletela španske koloniste. dejanski učinek Španije je bil minimalen in Mehika še niSeverna meja Nove Španije je bila zaupana peščici vojščakov sreče, neustrezno oskrbljeni in usposobljeni vojski, najemniškim trgovcem, ljubosumnim katoliškim misijonarjem in neustrašnim civilistom, ki so se skušali preživljati na neizprosni zemlji. Med tem so španski regenti vztrajali pri obravnavi Apačev kot enotne skupine ljudi, čeprav so bili ti zeloveliko več skupin, ki jih je nominalno nadzoroval poglavar; pogodba, podpisana s takšnim poglavarjem, ni nikogar zavezovala k miru, čeprav so Španci želeli nasprotno.

Leta 1821 je Mehika postala neodvisna od Španije in vsaj za nekaj desetletij podedovala problem Apačev. V tem obdobju sta suženjstvo vseh strani in suženjstvo dosegla svoj vrhunec. Leta 1846 je general Stephen Watts Kearney prevzel nadzor nad najsevernejšimi deli mehiške meje in ustanovil sedež v Fort Marcy v Santa Fe v Novi Mehiki.Guadelupe Hidalgo je leta 1848 Združenim državam uradno odstopil velike dele današnjega ameriškega jugozahoda, leta 1853 pa je bil z Gadsdenovim nakupom dodan še večji del, s čimer je bil "problem Apačev" prenesen na ZDA. Pogodba iz leta 1848 je kolonistom zagotovila zaščito pred Indijanci, Mescalero; pravice Indijancev niso bile omenjene. Kongres je leta 1867 ukinil suženjstvo v Novi Mehiki inSkupna resolucija iz leta 1868 (65) je dokončno ukinila suženjstvo, vendar je problem Apačev ostal.

Mescalero so (pogosto) zbirali in (redko) zadrževali v Bosque Redondo v Fort Sumnerju v Novi Mehiki že od leta 1865, čeprav so se vojaški agenti, ki so bili zadolženi zanje, nenehno pritoževali, da prihajajo in odhajajo zaskrbljujoče pogosto. Štiri stoletja skoraj stalnih spopadov in zdesetkanja zaradi bolezni ter izguba zemljišč, ki so jih vzdrževala, so skupaj zmanjšaliMescalero do ustanovitve njihovega rezervata ostalo le še peščica.

Od konca sedemdesetih let 19. stoletja do začetka dvajsetega stoletja je bilo zaradi pomanjkanja hrane, strehe nad glavo in oblačil še posebej težko obdobje. kljub lastnemu trpljenju so v svoj rezervat sprejeli svoje "sorodnike", najprej Lipane in pozneje Chiricahua. do dvajsetih let 20. stoletja se je življenjski standard nekoliko, a občutno izboljšal, čeprav so Mescalero skušali doseči, da bi se njihova življenjska ravenZakon o reorganizaciji Indijancev iz leta 1934 je Mescalerom omogočil, da so pripravljeni prevzeti nadzor nad lastnim življenjem, za kar se še danes borijo na sodiščih glede vprašanj uporabe zemljišč, vodnih pravic, pravne pristojnosti in skrbništva. Čeprav se je prizorišče boja za preživetje s konj preselilo na plemensko letalo, ki pogosto potuje v Washington, seApači so še vedno zelo nevarni nasprotniki.