Coronadova ekspedicija 1540. kroz središnji Meksiko i na savremeni američki jugozapad primijetila je da postoje Querechos, za koje se općenito priznaje da su preci istočnih Apača, na Llano Estacado, prostranoj ravničarskoj oblasti istočnog Novog Meksika, zapadnog Teksasa i jugozapadnog Oklaha . Querechos su opisani kao visoki i inteligentni; živjeli su u šatorima, za koje se govorilo da su poput onih u Arapima, i pratili stada bizona, iz kojih su osiguravali hranu, gorivo, oruđe, odjeću i pokrivače za tipi – sve je to transportovano uz pomoć pasa i travoa. Ovi Querechos su trgovali sa poljoprivrednim puebloanskim narodima. Prvi kontakt je bio miran, ali sredinom sedamnaestog veka došlo je do sveopšteg rata između Španaca i Apača. Tokom sedamnaestog veka, španska vlast na jugozapadu bila je nametnuta često nemogućim zahtevima Pueblosima koji su se, zauzvrat, našli podložnim napadima Apača kada španska eksploatacija nije ostavljala ništa za trgovinu. U isto vrijeme, sve domorodce su desetkovale bolesti na koje nisu imali imunitet. Postojao je i pritisak Utea i Komanča koji su se kretali prema jugu u područje koje su ranije držali Apači. Dokumentarni dokazi sugeriraju da su Španci naoružavali Komanče kako bi pomogli u njihovim neuspješnim naporima da pokore i kontrolišu Apače.

Mescalero je brzo pokupio konjeod Španaca, čineći njihov lov, trgovinu i prepad beskrajno lakšim. Oni su takođe posudili špansku praksu trgovine robljem i tako dali Špancima oružje koje će upotrebiti protiv njih jer su španski kolonisti, dok su uzimali robove od zarobljenika Apača, izazvali strah u Pueblosima da će oni biti sledeći robovi koje su Apači tražili. U stvari, Apači su se počeli manje oslanjati na trgovinu sa Pueblosima, a više na napade protiv španskih kolonista.

Uprkos španjolskoj politici suprotstavljanja plemena jedni protiv drugih, ova potonja su se udružila 1680. u Pueblo revoltu i uspješno uklonila Špance iz Novog Meksika. Mnogi Puebloanci, koji su pobegli od Španaca tako što su otišli da žive kod Apača i Navaha, vratili su se kući i čini se da je stari obrazac lova na ravnice i trgovine Puebloa ponovo uspostavljen. Godine 1692. kolonisti su se vratili i tempo rata sa Apačima se ubrzao.

Historija osamnaestog i ranog devetnaestog vijeka ispisana je krvlju i prekršenim obećanjima. Izdajstvo je bilo sveprisutno i mirovni ugovori nisu bili vrijedni mastila potrebnog za njihovo pisanje. Mescalero su rutinski nazivani "neprijateljem, paganima, Apačima" i okrivljeni su za gotovo svaku katastrofu koja je zadesila španske koloniste. Pravi efekat Španije bio je minimalan i Meksiko još nije bio nezavisna država. Sjeverna granica Nove Španije bila je povjerena nekolicini vojnikabogatstvo, neadekvatno snabdevena i obučena vojska, trgovci plaćenici, ljubomorni skupovi katoličkih misionara i neustrašivi civili koji pokušavaju da prežive od nemilosrdne zemlje. Usred toga, španski regenti su insistirali na tretiranju Apača kao ujedinjene grupe ljudi kada su bili u velikoj meri nekoliko grupa, svaka pod nominalnom kontrolom poglavara; Ugovor potpisan sa takvim poglavarom nikoga nije obavezao na mir, uprkos tome što su Španci željeli suprotno.

Godine 1821. Meksiko je postao nezavisan od Španije i naslijedio problem Apača—barem na nekoliko decenija. Ropstvo, sa strane svih stranaka, i dužnički peonaž dostigli su vrhunac u ovom periodu. Do 1846. godine, general Stephen Watts Kearney je preuzeo kontrolu nad najsjevernijim dijelovima meksičke granice i uspostavio sjedište u Fort Marcy u Santa Feu, Novi Meksiko. Ugovorom iz Guadelupe Hidalga iz 1848. godine formalno su ustupljeni veliki dijelovi današnjeg američkog jugozapada Sjedinjenim Državama, a više je dodato 1853. kupnjom Gadsdena, prenoseći "problem Apača" na Sjedinjene Države. Ugovor iz 1848. garantovao je kolonistima zaštitu od Indijanaca, Meskalera; nije bilo spominjanja prava Indijanaca. Kongres je 1867. ukinuo peonage u Novom Meksiku, a Zajednička rezolucija iz 1868. (65) konačno je okončala ropstvo i ropstvo. Međutim, problem Apachea je ostao.

Mescalero je bioskupljani (često) i držani (rijetko) u Bosque Redondo u Fort Sumner, Novi Meksiko, od 1865. godine, iako su se vojni agenti koji su bili zaduženi za njih neprestano žalili da dolaze i odlaze sa alarmantnom učestalošću. Četiri vijeka gotovo stalnog sukoba i desetkovanja bolešću, zajedno s gubitkom kopnene baze koja ih je sve održavala, zajedno su sveli Mescalero na jadnu nekoliko do trenutka kada je njihov rezervat uspostavljen.

Kasnih 1870-ih do tinejdžerskih godina dvadesetog stoljeća bilo je posebno teško vrijeme zbog neadekvatne hrane, skloništa i odjeće. Unatoč vlastitoj patnji, prihvatili su svoje "rođake", prvo Lipane, a kasnije Chiricahua, u svoj rezervat. Do 1920-ih došlo je do malog, ali značajnog poboljšanja životnog standarda, iako pokušaji da se meskalerski farmeri nikada nisu uspjeli. Indijski zakon o reorganizaciji iz 1934. utvrdio je da Mescalero želi i potpuno može preuzeti kontrolu nad vlastitim životima, borbu koju i danas vode na sudovima po pitanjima korištenja zemljišta, prava na vodu, pravne nadležnosti i starateljstva. Iako je arena borbe za opstanak prešla s konja na plemenski avion koji često putuje u Washington, Apači su i dalje strašni neprijatelji.