Coronados Expedition im Jahr 1540 durch Zentralmexiko und in den heutigen amerikanischen Südwesten stellte fest, dass es im Llano Estacado, einem riesigen Steppengebiet im östlichen New Mexico, westlichen Texas und südwestlichen Oklahoma, Querechos gab, von denen allgemein angenommen wird, dass sie die Vorfahren der östlichen Apachen sind. Die Querechos wurden als groß und intelligent beschrieben; sie lebten in Zelten, die denen derAraber und folgten den Bisonherden, von denen sie sich Nahrung, Brennmaterial, Werkzeuge, Kleidung und Tipi-Deckungen holten, die sie mit Hilfe von Hunden und Travois transportierten. Die Querechos trieben Handel mit den agrarischen Pueblo-Völkern. Der Kontakt verlief zunächst friedlich, doch Mitte des siebzehnten Jahrhunderts kam es zum totalen Krieg zwischen den Spaniern und den Apachen. Im siebzehnten Jahrhundert wurde die spanische Oberhoheitim Südwesten wurde mit oft unmöglichen Forderungen an die Pueblos durchgesetzt, die sich ihrerseits den Überfällen der Apachen ausgesetzt sahen, als die spanische Ausbeutung nichts mehr zum Handeln übrig ließ. Gleichzeitig wurden alle Ureinwohner durch Krankheiten dezimiert, gegen die sie keine Immunität besaßen. Hinzu kam der Druck der Ute und Comanchen, die nach Süden in das Gebiet vordrangen, das zuvor vonDokumentarische Belege deuten darauf hin, dass die Spanier die Comanchen bewaffneten, um sie bei ihren erfolglosen Bemühungen um die Unterwerfung und Kontrolle der Apachen zu unterstützen.

Die Mescalero übernahmen schnell Pferde von den Spaniern, was ihre Jagd, ihren Handel und ihre Raubzüge unendlich erleichterte. Sie übernahmen auch die spanische Praxis des Sklavenhandels und gaben den Spaniern damit eine Waffe, die sie gegen sie einsetzen konnten, da die spanischen Kolonisten durch die Entnahme von Sklaven aus der Gefangenschaft der Apachen in den Pueblos die Angst schürten, dass sie die nächsten Sklaven sein würden, die die Apachen suchten. Tatsächlich waren dieDie Apachen begannen, sich weniger auf den Handel mit den Pueblos und mehr auf Überfälle gegen die spanischen Kolonisten zu verlassen.

Trotz der spanischen Politik, die Stämme gegeneinander auszuspielen, schlossen sich letztere 1680 in der Pueblo-Revolte zusammen und vertrieben die Spanier erfolgreich aus Neu-Mexiko. Viele Pueblo-Bewohner, die vor den Spaniern geflohen waren und bei den Apachen und Navajo lebten, kehrten in ihre Heimat zurück, und es scheint, dass das alte Muster der Jagd auf die Plains und des Handels mit den Pueblo-Bewohnern wieder eingeführt wurde. 1692 kehrten die Kolonisten zurück undbeschleunigte sich der Krieg mit den Apachen.

Die Geschichte des achtzehnten und frühen neunzehnten Jahrhunderts wurde mit Blut und gebrochenen Versprechen geschrieben. Verrat war weit verbreitet und Friedensverträge waren die Tinte nicht wert, die nötig war, um sie zu schreiben. Mescalero wurden routinemäßig als "der Feind, der Heide, der Apache" bezeichnet und für praktisch jedes Unglück verantwortlich gemacht, das den spanischen Kolonisten widerfuhr. Der tatsächliche Einfluss Spaniens war minimal und Mexiko war noch nichtDie nördliche Grenze Neuspaniens wurde einigen wenigen Glücksrittern, einem unzureichend ausgerüsteten und ausgebildeten Militär, Söldnern, eifersüchtigen katholischen Missionaren und unerschrockenen Zivilisten anvertraut, die versuchten, dem unbarmherzigen Land ihren Lebensunterhalt abzutrotzen. Inmitten dieser Situation bestanden die spanischen Regenten darauf, die Apachen als eine einheitliche Gruppe zu behandeln, obwohl sie sehr unterschiedlich waren.Ein Vertrag, der mit einem solchen Häuptling unterzeichnet wurde, verpflichtete niemanden zum Frieden, obwohl die Spanier das Gegenteil wünschten.

1821 wurde Mexiko von Spanien unabhängig und erbte das Apachenproblem - zumindest für ein paar Jahrzehnte. Die Sklaverei auf allen Seiten und die Schuldknechtschaft erreichten in dieser Zeit ihren Höhepunkt. 1846 hatte General Stephen Watts Kearney die Kontrolle über die nördlichsten Teile der mexikanischen Grenze übernommen und sein Hauptquartier in Fort Marcy in Santa Fe, New Mexico, eingerichtet. Der Vertrag vonGuadelupe Hidalgo trat 1848 große Teile des heutigen amerikanischen Südwestens formell an die Vereinigten Staaten ab, und 1853 kam mit dem Kauf von Gadsden noch mehr hinzu, wodurch das "Apachenproblem" auf die Vereinigten Staaten überging. Der Vertrag von 1848 garantierte den Kolonisten Schutz vor den Indianern, den Mescalero; von indianischen Rechten war nicht die Rede. 1867 schaffte der Kongress die Leibeigenschaft in New Mexico ab, und einDie Joint Resolution von 1868 (65) beendete schließlich die Sklaverei und die Leibeigenschaft, doch das Problem der Apachen blieb bestehen.

Die Mescalero wurden seit 1865 im Bosque Redondo von Fort Sumner, New Mexico, zusammengetrieben (häufig) und festgehalten (selten), obwohl die für sie zuständigen Armeeagenten sich immer wieder darüber beklagten, dass sie mit beunruhigender Häufigkeit kamen und gingen. Vier Jahrhunderte fast ständiger Konflikte und Dezimierung durch Krankheiten sowie der Verlust der Landbasis, die sie ernährt hatte, führten dazu, dass dieMescalero bis zur Einrichtung ihres Reservats auf eine erbärmliche Anzahl reduziert.

Die späten 1870er Jahre bis in die Jugendjahre des zwanzigsten Jahrhunderts waren eine besonders schwierige Zeit, da es an Nahrungsmitteln, Unterkünften und Kleidung mangelte. Trotz ihres eigenen Leidens nahmen sie ihre "Verwandten", zunächst die Lipan und später die Chiricahua, in ihrem Reservat auf. In den 1920er Jahren kam es zu einer kleinen, aber bedeutenden Verbesserung des Lebensstandards, obwohl Versuche, die MescaleroNach dem Gesetz zur Neuorganisation der Indianer von 1934 waren die Mescalero bereit und in der Lage, ihr Leben selbst in die Hand zu nehmen - ein Kampf, den sie auch heute noch vor Gericht führen, wenn es um Fragen der Landnutzung, der Wasserrechte, der Rechtsprechung und der Vormundschaft geht. Obwohl der Kampf ums Überleben nicht mehr auf dem Rücken der Pferde ausgetragen wird, sondern in einem Flugzeug des Stammes, das häufig nach Washington fliegt, sind dieDie Apachen sind immer noch mächtige Gegner.