Коронадова експедиција из 1540. кроз централни Мексико и на савремени амерички југозапад приметила је да постоје Куерецхос, за које се генерално признаје да су преци источних Апача, на Ллано Естацадо, пространој равничарској области источног Новог Мексика, западног Тексаса и југозападног Оклаха . Куерецхос су описани као високи и интелигентни; живели су у шаторима, за које се каже да су попут оних у Арапима, и пратили стада бизона, из којих су обезбеђивали храну, гориво, оруђе, одећу и покриваче за типи - све то је транспортовано уз помоћ паса и травоа. Ови Куерецхос су трговали са пољопривредним пуеблоанским народима. Први контакт је био миран, али средином седамнаестог века дошло је до свеопштег рата између Шпанаца и Апача. Током седамнаестог века, шпанска власт на југозападу била је наметнута са често немогућим захтевима Пуеблосима који су се, заузврат, нашли подвргнути нападима Апача када шпанска експлоатација није остављала ништа за трговину. Истовремено, све староседеоце су десетковале болести на које нису имали имунитет. Постојао је и притисак Утеа и Команча који су се кретали ка југу у област коју су раније држали Апачи. Документарни докази сугеришу да су Шпанци наоружавали Команче да помогну у њиховим неуспешним напорима да покоре и контролишу Апаче.

Мескалер је брзо покупио коњеод Шпанаца, чинећи њихов лов, трговину и препад бескрајно лакшим. Они су такође позајмили шпанску праксу трговине робљем и тако дали Шпанцима оружје које ће употребити против њих у томе што су шпански колонисти, док су узимали робове од заробљеника Апача, изазвали страх у Пуеблосима да ће они бити следећи робови које су Апачи тражили. У ствари, Апачи су почели мање да се ослањају на трговину са Пуеблосима, а више на нападе против шпанских колониста.

Упркос шпанској политици супротстављања племена једних против других, ова потоња су се удружила 1680. у побуни Пуебло и успешно уклонила Шпанце из Новог Мексика. Многи Пуеблоанци, који су побегли од Шпанаца тако што су отишли ​​да живе код Апача и Наваха, вратили су се кући и чини се да је стари образац лова на равнице и трговине Пуеблоа поново успостављен. Године 1692. колонисти су се вратили и темпо рата са Апачима се убрзао.

Историја осамнаестог и почетка деветнаестог века исписана је крвљу и прекршеним обећањима. Издајство је било веома распрострањено и мировни уговори нису били вредни мастила неопходног за њихово писање. Мескалери су рутински називани „непријатељем, незнабошцима, Апачима“ и окривљени су за скоро сваку катастрофу која је задесила шпанске колонисте. Прави ефекат Шпаније је био минималан и Мексико још није био независна држава. Северна граница Нове Шпаније била је поверена неколицини војника избогатство, неадекватно снабдевена и обучена војска, трговци плаћеници, љубоморни скупови католичких мисионара и неустрашиви цивили који покушавају да преживе од немилосрдне земље. Усред тога, шпански регенти су инсистирали на третирању Апача као уједињене групе људи када су били у великој мери неколико група, свака под номиналном контролом поглавара; уговор потписан са таквим поглаваром никога није обавезао на мир, упркос томе што су Шпанци жељели супротно.

Године 1821. Мексико је постао независан од Шпаније и наследио проблем Апача—барем на неколико деценија. Ропство, од стране свих странака, и дужнички пеонаж достигли су врхунац у овом периоду. До 1846. године, генерал Стивен Вотс Кирни је преузео контролу над најсевернијим деловима мексичке границе и успоставио штаб у Форт Марси у Санта Феу, Нови Мексико. Уговором из Гваделупе Идалга из 1848. године формално су уступљени велики делови данашњег америчког југозапада Сједињеним Државама, а више је додато 1853. куповином Гадсдена, преносећи „проблем Апача“ на Сједињене Државе. Уговор из 1848. гарантовао је колонистима заштиту од Индијанаца, Мескалера; није било помена о индијанским правима. Конгрес је 1867. године укинуо пеонаге у Новом Мексику, а Заједничка резолуција из 1868. (65) коначно је окончала ропство и ропство. Међутим, проблем Апача је остао.

Мескалеро је биосакупљани (често) и држани (ретко) у Боске Редондо у Форт Самнеру, Нови Мексико, од 1865. године, иако су се војни агенти који су били задужени за њих непрестано жалили да долазе и одлазе са алармантном учесталошћу. Четири века скоро сталног сукоба и десетковања болешћу, заједно са губитком копнене базе која их је све одржавала, заједно су свели Мескалеро на јадну неколико до тренутка када је њихов резерват успостављен.

Касних 1870-их до тинејџерских година двадесетог века било је посебно тешко време због неадекватне хране, склоништа и одеће. Упркос сопственој патњи, прихватили су своје „рођаке“, прво Липане, а касније Чирикауе, у свој резерват. До 1920-их дошло је до малог, али значајног побољшања животног стандарда, иако покушаји да се Мескалеро натерају фармери никада нису успели. Индијски закон о реорганизацији из 1934. утврдио је да је Мескалер жељан и потпуно способан да преузме контролу над сопственим животима, борбу коју и данас воде на судовима по питањима коришћења земљишта, права на воду, правне надлежности и старатељства. Иако је арена борбе за опстанак прешла са коња на племенски авион који често путује у Вашингтон, Апачи су и даље страшни непријатељи.