Det er sannsynlig at de første kontaktene til Karajá med "sivilisasjon" dateres til slutten av det sekstende århundre og begynnelsen av det syttende, da oppdagelsesreisende begynte å ankomme Araguaia-Tocantins-dalen. De kom fra Sao Paulo over land eller ved elvene i Parnaíba-bassenget, på jakt etter indiske slaver og gull. Da gull ble oppdaget i Goiás rundt 1725, dro gruvearbeidere fra flere regioner dit og grunnla landsbyer i regionen. Det var mot disse mennene indianerne måtte kjempe for å forsvare deres territorium, familier og frihet. En militærpost ble opprettet i 1774 for å lette navigasjonen. Karajá og Javaé bodde på posten som ble kalt Nova Beira-kolonien. Andre kolonier ble grunnlagt senere, men ingen var vellykket. Indianerne måtte tilpasse seg en ny livsstil og var utsatt for ulike smittsomme sykdommer som de ikke hadde immunitet mot og som de ikke hadde behandling for.

En ny fase av kolonisering begynte i Goiás da gullgruvene ble oppbrukt mot slutten av det attende århundre. Med brasiliansk uavhengighet ble regjeringen mer interessert i å bevare den territoriale enheten til Goiás og restrukturere økonomien. I 1863 gikk Couto de Magalhães guvernør i Goiás ned fra Rio Araguaia. Han hadde til hensikt å utvikle dampnavigasjon og å fremme kolonisering av land langs grensen til elven. Nye landsbyer ble grunnlagtsom et resultat av dette initiativet, og dampnavigasjonen økte langs Araguaia. Men først nylig har regionen blitt trukket inn i den nasjonale økonomien. Tjenesten for beskyttelse til indianerne (SPI) tillot storfeoppdrettere å okkupere feltene som grenser til elven, og gradvis involverte Karajá, Javaé, Tapirapé og Avá (Canoeiros) indianerne og forårsaket mye forandring i livene deres, ettersom de indiske territoriene var invadert av storfeflokkene i regntiden. Da militærregjeringen tok makten i 1964, opphørte SPI å eksistere, og Fundação Nacional do Indio (National Indian Foundation, FUNAI) ble opprettet, med lignende funksjoner. Rapporter om forfattere, reisende, myndighetsarbeidere og etnologer indikerer fremhevet avfolkning blant Karajá fra det syttende til det tjuende århundre.