Yakuts muntlige historier begynner i god tid før første kontakt med russere på det syttende århundre. For eksempel dateres olonkho (epos) minst til det tiende århundre, en periode med interetnisk blanding, spenninger og omveltninger som kan ha vært en formativ periode for å definere Yakut-stammetilknytninger. Etnografiske og arkeologiske data tyder på at forfedrene til Yakuten, identifisert i noen teorier med Kuriakon-folket, bodde i et område nær Baikalsjøen og kan ha vært en del av den uiguriske staten som grenser til Kina. Ved det fjortende århundre migrerte Yakut-forfedre nordover, kanskje i små flyktninggrupper, med flokker av hester og storfe. Etter ankomst til Lena-dalen kjempet de og giftet seg med de innfødte Evenk- og Yukagir-nomadene. Således gikk både fredelige og krigførende forhold til nordlige sibirere, kinesere, mongoler og turkiske folk foran russisk hegemoni.

Da de første partiene av kosakker ankom Lena-elven på 1620-tallet, mottok Yakut dem med gjestfrihet og varsomhet. Flere trefninger og opprør fulgte, først ledet av den legendariske Yakut-helten Tygyn. I 1642 var Lena-dalen under hyllest til tsaren; fred ble vunnet først etter en lang beleiring av en formidabel Yakut-festning. I 1700 var fortbosetningen Yakutsk (grunnlagt i 1632) et yrende russisk administrativt, kommersielt og religiøst senter og et startpunkt forvidere utforskning i Kamchatka og Chukotka. Noen Yakuter flyttet nordøstover inn i territorier de tidligere ikke hadde dominert, og assimilerte Evenk og Yukagir ytterligere. De fleste Yakuter forble imidlertid i de sentrale engområdene, noen ganger assimilerte russere. Yakut-ledere samarbeidet med russiske befal og guvernører, og ble aktive innen handel, pelsskatt, transport og postsystemet. Kampene blant Yakut-samfunnene avtok, selv om hestesusing og sporadiske anti-russisk vold fortsatte. For eksempel ledet en Yakut Robin Hood ved navn Manchari et band som stjal fra de rike (vanligvis russere) for å gi til de fattige (vanligvis Yakut) på det nittende århundre. Russiske ortodokse prester spredte seg gjennom Yakutia, men deres tilhengere var hovedsakelig i de store byene.

I 1900 dannet en litterær Yakut-intelligentsia, påvirket både av russiske kjøpmenn og politiske eksil, et parti kalt Yakut-unionen. Yakut-revolusjonære som Oiunskii og Ammosov ledet revolusjonen og borgerkrigen i Yakutia, sammen med bolsjeviker som den georgiske Ordzhonikidze. Konsolideringen av 1917-revolusjonen ble langvarig til 1920, delvis på grunn av omfattende motstand mot røde styrker fra hvite under Kolchak. Yakut-republikken var ikke sikker før i 1923. Etter relativ ro under Lenins nye økonomiske politikk, fulgte en hard kollektivisering og antinasjonalistisk kampanje.Intellektuelle som Oiunskii, grunnlegger av Institutt for språk, litteratur og historie, og Kulakovskii, en etnograf, ble forfulgt på 1920- og 1930-tallet. Uroen av stalinistisk politikk og andre verdenskrig etterlot mange Yakuter uten sine tradisjonelle husmannsplasser og uvant med lønnet industri- eller byarbeid. Utdanning forbedret både sjansene deres for tilpasning og stimulerte interessen for Yakut-fortiden.