Religiös övertygelse. Irokesernas övernaturliga värld omfattade många gudar, varav den viktigaste var Store Ande, som var ansvarig för skapandet av människor, växter och djur samt de goda krafterna i naturen. Irokeserna trodde att Store Ande indirekt styrde vanliga människors liv. Andra viktiga gudar var Thunderer och de tre systrarna, majsens andar,Bönor och Squash. Mot den Store Anden och de andra goda krafterna stod den Onde Anden och andra mindre andar som var ansvariga för sjukdomar och annan olycka. Enligt Irokesernas uppfattning kunde vanliga människor inte kommunicera direkt med den Store Anden, men kunde göra det indirekt genom att bränna tobak, som överförde deras böner till de mindre goda andarna. Irokeserna betraktade drömmar som viktigaMan trodde att drömmar uttryckte själens önskningar, och därför var uppfyllandet av en dröm av yttersta vikt för individen.

Omkring år 1800 fick en seneca sachem vid namn Handsome Lake en rad visioner som han trodde visade vägen för irokeserna att återfå sin förlorade kulturella integritet och lovade övernaturlig hjälp till alla som följde honom. Handsome Lakes religion betonade många traditionella inslag i den irokesiska kulturen, men införlivade också kväkarnas tro och aspekter av den vita kulturen. På 1960-talet, vidminst hälften av Iroquoian-folket accepterade Handsome Lake-religionen.

Religiösa utövare. Heltidsanställda religiösa specialister saknades, men det fanns deltidsanställda manliga och kvinnliga specialister som kallades för troshållare vars främsta ansvar var att arrangera och genomföra de viktigaste religiösa ceremonierna. Troshållare utsågs av matrisib-äldste och åtnjöt betydande prestige.

Ceremonier. Religiösa ceremonier var stamangelägenheter som främst rörde jordbruk, botande av sjukdomar och tacksägelse. I den ordning de inträffade var de sex största ceremonierna lönn-, planterings-, jordgubbs-, grön majs, skörde- och midvinter- eller nyårsfestivalerna. De första fem i denna ordning innebar offentliga bekännelser följt av gruppceremonier som inkluderade tal av väktarna av deNyårsfesten hölls vanligtvis i början av februari och präglades av drömtolkningar och offrandet av en vit hund som skulle rensa folket från ondska.

Konst. En av de mest intressanta iroquoiska konstformerna är False Face Mask. Maskerna används i False Face Societies botningsceremonier och är gjorda av lönn, vit tall, lind och poppel. False Face Masks snidas först i ett levande träd, skärs sedan loss och målas och dekoreras. Maskerna representerar andar som avslöjar sig för maskmakaren under en bön och tobaksförbränningsritualutförs innan masken snidas.

Medicin. Sjukdomar tillskrevs övernaturliga orsaker. Helande ceremonier bestod av shamanistiska gruppövningar som syftade till att blidka de ansvariga övernaturliga agenterna. En av de helande grupperna var False Face Society. Dessa sällskap fanns i varje by och bestod, förutom av en kvinnlig väktare av de falska ansiktena som skyddade de rituella tillbehören, endast av manligamedlemmar som hade drömt om att delta i False Face-ceremonier.

Döden och livet efter döden. När en sachem dog och hans efterträdare nominerades och bekräftades informerades de andra stammarna i förbundet och förbundets råd samlades för att utföra en kondoleansceremoni där den avlidne sachemen sörjdes och den nya sachemen installerades. Sachems kondoleansceremoni hölls fortfarande på 1970-talet på irokesiska reservat. Kondoleansceremonier utövades också för vanliga människor. IUnder tidig historisk tid begravdes de döda i sittande ställning vända mot öster. Efter begravningen släpptes en fångad fågel fri i tron att den förde bort den avlidnes ande. Förr i tiden lämnades de döda exponerade på en träställning och efter en tid deponerades deras ben i ett särskilt hus för den avlidne. Irokeserna trodde, vilket vissa fortfarande tror idag, attEfter döden påbörjade själen en resa och en rad prövningar som slutade i de dödas land i himmelsvärlden. Sörjandet för de döda varade i ett år, i slutet av denna tid trodde man att själens resa var avslutad och man höll en fest för att visa att själen anlänt till de dödas land.