Uskonnollinen vakaumus. Irokeesien yliluonnolliseen maailmaan kuului lukuisia jumaluuksia, joista tärkein oli Suuri Henki, joka oli vastuussa ihmisten, kasvien ja eläinten luomisesta sekä luonnon hyvistä voimista. Irokeesit uskoivat, että Suuri Henki ohjasi epäsuorasti tavallisten ihmisten elämää. Muita tärkeitä jumaluuksia olivat Ukkosmies ja Kolme sisarta, maissin henget,Suurta Henkeä ja muita hyvän voimia vastustivat Paha Henki ja muut vähäisemmät henget, jotka olivat vastuussa taudeista ja muusta onnettomuudesta. Irokeesien mielestä tavalliset ihmiset eivät voineet olla suoraan yhteydessä Suuren Hengen kanssa, mutta pystyivät siihen epäsuorasti polttamalla tupakkaa, joka kuljetti heidän rukouksensa vähäisemmille hyville hengille. Irokeesit pitivät unia tärkeinä.Unien uskottiin ilmaisevan sielun toiveita, ja siksi unen toteutuminen oli yksilölle ensiarvoisen tärkeää.

Noin vuonna 1800 seneca sachem nimeltä Handsome Lake sai sarjan näkyjä, joiden hän uskoi osoittavan irokeesien tien takaisin menetettyyn kulttuuriseen koskemattomuuteensa ja lupasi yliluonnollista apua kaikille niille, jotka seurasivat häntä. Handsome Laken uskonto korosti monia perinteisiä irokeesikulttuurin elementtejä, mutta se sisälsi myös kveekarien uskomuksia ja valkoisen kulttuurin näkökohtia. 1960-luvulla, kloAinakin puolet irokeesien kansasta hyväksyi Handsome Lake -uskonnon.

Uskonnonharjoittajat. Täysipäiväisiä uskonnollisia asiantuntijoita ei ollut, mutta osa-aikaisia mies- ja naispuolisia asiantuntijoita, joita kutsuttiin uskonvartijoiksi ja joiden pääasiallisena tehtävänä oli järjestää ja suorittaa tärkeimmät uskonnolliset seremoniat. Matrisib-vanhimmat nimittivät uskonvartijat, ja heillä oli huomattava arvovalta.

Seremoniat. Uskonnolliset seremoniat olivat heimojen asioita, jotka koskivat pääasiassa maanviljelyä, sairauksien parantamista ja kiittämistä. Esiintymisjärjestyksessä kuusi suurta seremoniaa olivat vaahtera-, istutus-, mansikka-, vihermaissi-, sadonkorjuu- ja keskitalvi- tai uudenvuodenjuhlat. Tämän järjestyksen viisi ensimmäistä sisälsivät julkisia tunnustuksia, joita seurasivat ryhmäseremoniat, joihin sisältyi pitäjien puheita.Uudenvuodenjuhlaa vietettiin yleensä helmikuun alussa, ja sitä leimasivat unien tulkinnat ja valkoisen koiran uhraaminen, jonka tarkoituksena oli puhdistaa kansa pahasta.

Taiteet. Yksi mielenkiintoisimmista irokeesien taidemuodoista on valenaamio. Valenaamioita käytetään valenaamioyhdistysten parannusseremonioissa, ja ne valmistetaan vaahterasta, valkoisesta männystä, bassopuusta ja poppelista. Valenaamioita veistetään ensin elävään puuhun, sitten ne leikataan irti, maalataan ja koristellaan. Naamarit edustavat henkiä, jotka paljastavat itsensä naamion tekijälle rukouksen ja tupakanpolttorituaalin aikana.suoritetaan ennen naamion veistämistä.

Lääketiede. Sairaudet ja taudit johtuivat yliluonnollisista syistä. Parantamisseremonioihin kuului ryhmäkohtaisia shamanistisia käytäntöjä, joilla pyrittiin lepyttämään vastuussa olevia yliluonnollisia tekijöitä. Yksi parantajaryhmistä oli valekasvojen yhdistys. Näitä yhdistyksiä oli jokaisessa kylässä, ja lukuun ottamatta valekasvojen naispuolista hoitajaa, joka suojeli rituaalisia välineitä, ne koostuivat vain miespuolisista henkilöistä.jäsenet, jotka olivat haaveilleet osallistumisesta False Face -seremonioihin.

Kuolema ja kuolemanjälkeinen elämä. Kun sachem kuoli ja hänen seuraajansa nimitettiin ja vahvistettiin, asiasta ilmoitettiin muille liiton heimoille ja liiton neuvosto kokoontui suorittamaan surunvalitteluseremonian, jossa surtiin kuollutta sachemia ja asetettiin uusi sachem virkaan. Sachemin surunvalitteluseremoniaa pidettiin irokeesireservaattien alueella vielä 1970-luvulla. Surunvalitteluseremonioita harrastettiin myös tavallisille ihmisille. Vuonnavarhaishistoriallisella ajalla vainajat haudattiin istuvassa asennossa itään päin. Hautauksen jälkeen vapautettiin pyydystetty lintu siinä uskossa, että se vei vainajan hengen pois. Aikaisemmin vainajat jätettiin alttiiksi puisille telineille, ja jonkin ajan kuluttua heidän luunsa talletettiin erityiseen vainajan taloon. Irokeesit uskoivat, kuten jotkut uskovat tänäkin päivänä, ettäKuoleman jälkeen sielu lähti matkalle ja koettelemusten sarjalle, joka päättyi kuolleiden maahan taivasmaailmassa. Kuolleiden suru kesti vuoden, jonka jälkeen sielun matkan uskottiin päättyneen, ja sielun saapumisen merkiksi kuolleiden maahan järjestettiin juhla.