Creences religioses. El món sobrenatural dels iroquesos incloïa nombroses deïtats, la més important de les quals era el Gran Esperit, responsable de la creació dels éssers humans, les plantes i els animals, i les forces del bé de la natura. Els iroquesos creien que el Gran Esperit guiava indirectament la vida de la gent normal. Altres deïtats importants eren Thunderer i les Tres Germanes, els esperits de blat de moro, mongetes i carbassa. Oposant-se al Gran Esperit i a les altres forces del bé hi havia l'Esperit Maligne i altres esperits menors responsables de les malalties i altres desgràcies. Segons la visió iroquesa, els humans corrents no podien comunicar-se directament amb el Gran Esperit, sinó que ho podien fer indirectament cremant tabac, que portava les seves oracions als esperits del bé menors. Els iroquesos consideraven els somnis com a signes sobrenaturals importants, i es va prestar molta atenció a la interpretació dels somnis. Es creia que els somnis expressaven el desig de l'ànima i, com a resultat, la realització d'un somni era d'una importància cabdal per a l'individu.

Al voltant de l'any 1800, un sachem de Sèneca anomenat Llac Guapo va rebre una sèrie de visions que creia que mostraven el camí perquè els iroqueses recuperessin la seva integritat cultural perduda i va prometre ajuda sobrenatural a tots els que el seguien. La religió del llac Handsome emfatitzava molts elements tradicionals de la cultura iroquesa, però també incorporava els quàquerscreences i aspectes de la cultura blanca. A la dècada de 1960, almenys la meitat de la gent iroquesa va acceptar la religió del llac Handsome.

Practicants religiosos. Els especialistes religiosos a temps complet estaven absents; tanmateix, hi havia especialistes a temps parcial, homes i dones, coneguts com a guardians de la fe, les principals responsabilitats dels quals eren organitzar i dirigir les principals cerimònies religioses. Els guardians de la fe eren nomenats pels ancians de la matrisib i se'ls va concedir un prestigi considerable.

Cerimònies. Les cerimònies religioses eren assumptes tribals relacionats principalment amb l'agricultura, la cura de malalties i l'acció de gràcies. En la seqüència d'ocurrència, les sis cerimònies principals eren les festes de l'auró, la plantació, la maduixa, el blat de moro verd, la collita i la meitat d'hivern o cap d'any. Els cinc primers d'aquesta seqüència van implicar confessions públiques seguides de cerimònies grupals que incloïen discursos dels guardians de la fe, ofrenes de tabac i oracions. El festival d'Any Nou se celebrava normalment a principis de febrer i estava marcat per interpretacions de somnis i el sacrifici d'un gos blanc ofert per purgar la gent del mal.

Arts. Una de les formes d'art iroqueses més interessants és la màscara falsa. S'utilitzen a les cerimònies de curació de les False Face Societies, les màscares estan fetes d'auró, pi blanc, tilo i àlber. Les màscares falses es tallen primer en un arbre viu i després es talleni pintat i decorat. Les màscares representen esperits que es revelen al fabricant de màscares en un ritual de pregària i crema de tabac realitzat abans de tallar la màscara.

Medicina. La malaltia i la malaltia es van atribuir a causes sobrenaturals. Les cerimònies de curació consistien en pràctiques xamàniques grupals dirigides a propiciar els agents sobrenaturals responsables. Un dels grups de curació va ser la False Face Society. Aquestes societats es trobaven a cada poble i, a excepció d'una dona guardià de les falses cares que protegia la parafernàlia ritual, només estaven formades per homes que havien somiat amb participar en les cerimònies de Fals Face.

Mort i més enllà. Quan un sachem moria i el seu successor era nomenat i confirmat, les altres tribus de la Lliga van ser informades i el consell de la Lliga es va reunir per fer una cerimònia de condol en què es va plorar el difunt sachem i es va instal·lar el nou sachem. La cerimònia de condol del sachem encara es va celebrar a les reserves iroqueses a la dècada de 1970. També es van practicar cerimònies de condol per a la gent comuna. En els primers temps històrics, els morts eren enterrats asseguts mirant a l'est. Després de l'enterrament, un ocell capturat va ser alliberat en la creença que s'emportava l'esperit del difunt. Antigament els morts eren deixats al descobert sobre una bastida de fusta, i al cap d'un temps els seus ossos es dipositaven en uncasa especial del difunt. Els iroquesos creien, com alguns continuen creient avui, que després de la mort l'ànima es va embarcar en un viatge i una sèrie de proves que van acabar a la terra dels morts al món celeste. El dol pels morts va durar un any, al final del qual es creia que el viatge de l'ànima s'havia acabat i es va celebrar una festa per significar l'arribada de l'ànima a la terra dels morts.