Trúarbrögð. Yfirnáttúrulegur heimur Iroquois innihélt fjölda guða, mikilvægastur þeirra var Great Spirit, sem var ábyrgur fyrir sköpun manna, plantna og dýra, og krafta hins góða í náttúrunni. Iroquois trúðu því að mikill andi hafi óbeint stýrt lífi venjulegs fólks. Aðrir mikilvægir guðir voru Thunderer og systurnar þrjár, andar maís, bauna og leiðsagnar. Á móti hinum mikla anda og öðrum öflum hins góða voru illur andi og aðrir minni andar sem bera ábyrgð á sjúkdómum og öðrum ógæfum. Í Iroquois skoðuninni gátu venjulegir menn ekki haft beint samband við Great Spirit, en gætu gert það óbeint með því að brenna tóbaki, sem flutti bænir þeirra til hinna lægri anda góðs. Iroquois litu á drauma sem mikilvæg yfirnáttúruleg merki og alvarleg athygli var lögð á að túlka drauma. Talið var að draumar tjáðu þrá sálarinnar og þar af leiðandi væri uppfylling draums afar mikilvæg fyrir einstaklinginn.

Um 1800 fékk Seneca sachem að nafni Handsome Lake röð af sýnum sem hann taldi að sýndu leiðina fyrir Iroquois að endurheimta glataða menningarlega heilindi og lofaði yfirnáttúrulegri aðstoð til allra sem fylgdu honum. Handsome Lake trúarbrögðin lögðu áherslu á marga hefðbundna þætti í Iroquoian menningu, en tók einnig upp Quakerskoðanir og hliðar hvítrar menningar. Á sjöunda áratugnum samþykkti að minnsta kosti helmingur Iroquoian fólkið Handsome Lake trúarbrögðin.

Trúarbrögð. Trúarsérfræðingar í fullu starfi voru fjarverandi; þó voru karl- og kvensérfræðingar í hlutastarfi, þekktir sem verndarar trúarinnar, sem höfðu það að meginhlutverki að skipuleggja og annast helstu trúarathafnir. Verjendur trúarinnar voru skipaðir af matrisíböldungum og voru veittir umtalsverða virðingu.

Athafnir. Trúarathafnir voru ættbálkamál Hugsuðu fyrst og fremst um búskap, lækna sjúkdóma og þakkargjörð. Í röð atvika voru sex helstu athafnirnar hlynur, gróðursetning, jarðarber, græn maís, uppskera og miðsvetrar- eða nýárshátíðir. Fyrstu fimm í þessari röð fólu í sér opinberar játningar og síðan hópathafnir sem innihéldu ræður gæslumanna trúarinnar, tóbaksfórnir og bæn. Áramótahátíðin var venjulega haldin í byrjun febrúar og einkenndist af draumatúlkunum og fórn hvíts hunds til að hreinsa fólkið af illu.

Listir. Eitt af áhugaverðustu Iroquoian listformunum er False Face Mask. Grímurnar eru notaðar í lækningaathöfnum False Face Societies og eru gerðar úr hlyni, hvítum furu, bassaviði og ösp. Falskar andlitsgrímur eru fyrst skornar í lifandi tré, síðan skornar lausarog málað og skreytt. Grímurnar tákna anda sem opinberast grímugerðarmanninum í bæn og tóbaksbrennsluathöfn sem framkvæmd er áður en gríman er skorin út.

Lyf. Veikindi og sjúkdómar voru rakin til yfirnáttúrulegra orsaka. Lækningarathafnir samanstóð af hópsjamanískum aðferðum sem beinast að því að friðþægja hina ábyrgu yfirnáttúrulegu aðila. Einn af læknahópunum var False Face Society. Þessi félög fundust í hverju þorpi og, að undanskildum kvenkyns sem vörðu fölsku andlitin, sem verndaði helgisiðaáhöldin, samanstóðu einungis karlkyns meðlimir sem höfðu dreymt um að taka þátt í fölsku andlitsathöfnum.

Dauði og framhaldslíf. Þegar sachem dó og arftaki hans var tilnefndur og staðfestur, var öðrum ættkvíslum bandalagsins tilkynnt um það og deildarráðið hittist til að framkvæma samúðarathöfn þar sem látinn sachem var harmur og nýja sachem settur upp. Samúðarathöfn sachems var enn haldin á Iroquois friðlandinu á áttunda áratugnum. Samúðarathafnir voru einnig stundaðar fyrir alþýðufólk. Í upphafi sögulegra tíma voru hinir látnu grafnir í sitjandi stöðu sem snýr í austur. Eftir greftrunina var fanguðum fugli sleppt í þeirri trú að hann bæri með sér anda hins látna. Fyrr á tímum voru hinir látnu skildir eftir óvarðir á timburpalli og eftir nokkurn tíma voru bein þeirra sett ísérstakt hús hins látna. Iroquois trúðu því, eins og sumir halda áfram að trúa í dag, að eftir dauðann hafi sálin lagt upp í ferðalag og röð prófrauna sem endaði í landi hinna dauðu í himinheiminum. Harmur hinna látnu stóð í eitt ár og að þeim tíma loknum var talið að ferð sálarinnar væri lokið og var haldin veisla til marks um komu sálarinnar í land hinna dauðu.