Det er usikkert om Emberá- og Wounaan-talerne bodde i Mellom-Amerika under før-spansktalende tider. Darién-regionen i det østlige Panama var Kuna-territoriet mellom slutten av det sekstende århundre og det attende århundre. Det var der spanjolene etablerte El Real i 1600 for å beskytte ruten oppover elven fra gullgruvene i Cana, en gang angivelig den rikeste i Amerika. Et annet fort ble bygget nær munningen av Río Sabanas og små gruvedriftsbosetninger utviklet andre steder. I 1638 hjalp misjonæren Fray Adrián de Santo Tomás til å agglomerere spredte Kuna-familier til landsbyer ved Pinogana, Capetí og Yaviza. Kunaene motsto spanske krav om at de skulle jobbe i gruvedrift og kjempet, noen ganger sammen med pirater, for å ødelegge misjonsoppgjør på 1700-tallet. Spanjolene vervet "Chocó" (med sine fryktede blåsepistoler) og svarte leiesoldater i motoffensiven; Kunaene ble presset inn i Darién-baklandet og begynte sin historiske migrasjon over det kontinentale skillet til San Blas-kysten. Som et resultat mislyktes koloniseringsinnsatsen, og spanjolene demonterte fortene sine og forlot regionen på slutten av det attende århundre.

Emberá begynte å bosette Darién på slutten av det attende århundre, og hadde på begynnelsen av 1900-tallet okkupert de fleste elvebassengene. Noen europeere bosatte seg til slutt der, og dannet nye byer, som nå domineres avSpansktalende svarte. Emberá slo seg bort fra disse byene og de to gjenværende Kuna-områdene. Emberá ble funnet så langt vest som kanalavløpet på 1950-tallet. Wounaan-familier hadde gått inn i Panama i løpet av 1940-årene.

Emberá og Wounaans liv endret seg dramatisk i Panama i løpet av midten av det tjuende århundre. Ønske om vestlige produkter brakte dem inn i kontantøkonomier. De handlet med svarte, spansktalende forretningsmenn, og byttet avlinger og skogsprodukter mot kontanter. Blant de hundrevis av produserte varer som nå er viktige, er macheter, øksehoder, gryter og panner, rifler, kuler og tøy. Landsbyorganisasjonen sprang ut av behovet for å snakke spansk med disse utenforstående. Emberá eldste begjærte den nasjonale regjeringen om å skaffe lærere til elvesektorene deres, og skoler ble etablert i Pulida, Río Tupisa, i 1953 og i Naranjal, Río Chico, i 1956. Til å begynne med var "landsbyer" ganske enkelt noen få husholdninger samlet rundt tekke- overbygde skolehus. Vedvarende misjonsvirksomhet begynte omtrent samtidig. Mennonitter, sponset av Panamas utdanningsdepartement, startet et leseferdighetsprogram designet for å registrere Emberá- og Wounaan-språkene for å produsere oversettelser av religiøst materiale som de kan undervise indianerne med. Indiske familier grupperte seg rundt misjonærhjem i Lucas i 1954 og El Mamey på Río Jaqué i 1956. Tre "skolelandsbyer" og tre "misjonerlandsbyer" eksisterte i 1960.

En filantropisk eventyrer, Harold Baker Fernandez (kallenavnet "Peru"), som begynte å leve med Emberá i 1963, adopterte Emberá og Wounaan-måter, lærte kulturen deres fra et insiders perspektiv, og lærte dem om å sikre landrettigheter. Han rådet dem til at de ved å danne landsbyer kunne begjære regjeringen om lærere, skoler og medisinsk utstyr. Gjennom mer effektiv territoriell kontroll, fortalte han dem, kunne de oppnå en comarca, eller semiautonomt politisk distrikt, som Kuna hadde, som garanterer urfolks rettigheter til land og ressurser. En "landsbymodell", med et skolehus, lærers sovesal, møtesal og landsbybutikk blant hus med stråtak, spredt over Darién; av 1968 var det tolv Emberá-landsbyer. Regjeringen til general Omar Torrijos støttet disse initiativene, som oppmuntret indianerne til å definere sin egen politiske struktur. En utnevnt Kuna-sjef ( cacique ) introduserte Kuna politiske modell ( caciquismo ) som de første høvdingene ble valgt. Ytterligere atten landsbyer ble dannet i løpet av de neste to årene, og i 1970 vedtok Darién Emberá og Wounaan formelt en ny politisk organisasjon som inneholdt høvdinger, kongresser og landsbyledere, mønstret etter Kuna-systemet. I 1980 hadde femti landsbyer blitt dannet i Darién og andre utviklet seg i retning avsentrale Panama.

Emberá og Wounaan fikk comarca-status i 1983. Comarca Emberá – lokalt kalt "Emberá Drua" – består av to separate distrikter i Darién, Sambú og Cemaco som dekker 4180 kvadratkilometer av Sambú og Chucunaque- Tuira bassenger. Noen spansktalende svarte gjenstår, men bare en liten ikke-indisk by er innenfor distriktet. I dag har Emberá Drua førti landsbyer og over 8000 innbyggere (83 prosent Emberá, 16 prosent Wounaan og 1 prosent andre).